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病原宏基因组高通量测序(mNGs)不依赖于传统的微生物培养,直接对临床样本中的核酸进行高通量测序,具有无偏倚、广覆盖、快速等优点.检测临床样本中的较多病原微生物(包括病毒、细菌、真菌、寄生虫),在重症感染领域,特别是疑难、罕见病导致的重症感染中发挥了关键作用.然而,感染性的临床样本多种多样,样本前处理及核酸提取方法并没有标准规范.各专家共识中也都指出样本前处理和核酸提取为mNGS技术流程的质量控制的重要节点.且相比有菌部位的标本,无菌部位的标本(静脉血、脑脊液、胸腔积液、组织)具有更高的临床价值,应尽量送检无菌部位的标本.因此,本文通过对mNGS无菌部位临床样本处理方法进行综述,着重阐述无菌部位样本的特性及处理方法,以期为医疗工作者及科研人员提供详实的参考信息.