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吉尔吉斯斯坦所属天山段的地质构造非常复杂，凸起的山体由太古代和元古代的变质结构叠加而成；褶皱结构由古生代沉积物和火山生成物构成；山间凹陷布满中生代和新生代的疏松岩层。在吉地质构造中岩浆岩起了很大的作用，其中发育最为成熟的是贝加尔、加里东和海西期的花岗岩侵入体，此外还有少量的基性岩和碱性岩侵入体。