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哈纳斯自然保护区的植被充分反映了欧洲－西伯利亚区系成分的特色。山地针叶林带与天山相比显著下降，为阴暗泰加林类型。植被类型丰富多样，与天山的植被特点迥然不同。本区植物区系形成于第四纪。其区系组成以温带成分为主，并含有少量的古地中海成分。以本土发生的安哥拉区系成分为主体；发源于华夏地区的亚洲温带成分渗透至本区；残存的古地中海成分有小部分通过相邻地区向本区渗入。