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用扩增猪基因组筛选得到的40条多态引物对小香羊，马头山羊，川东白山羊和南江黄羊4个品种进行RAPD分析，扩增产物以1．5％琼脂糖凝胶（含0．5μg/ml溴化乙锭）电泳分离，结果有28条引物扩增出多态性谱带。并用Nei氏公式计算品种间的遗传距离指数，NJ法构建系统聚类图。结果表明，川东白山羊和南江黄羊之间的遗传距离指数较小，亲缘关系较近，而小香羊与各山羊品种间的遗传距离指数都较大，亲缘关系较远。