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本研究利用RAPD和ISSR分子标记对常山胡柚的优良基因型进行鉴定，并探讨常山胡柚的起源。从100个RAPD引物中筛选出12个多态性引物用于正式扩增，共得到117条DNA带，其中多态性DNA带64条，占扩增片段的54、7％：从105个ISSR引物中筛选出11个多态性引物用于正式扩增，共得到94条DNA带，其中多态性DNA带58条，占扩增片段的61、7％。RAPD和ISSR分析揭示了常山胡柚及其近缘种的一些特异性条带，ISSR共产生了15条特异条带，RAPD共产生12特异性条带。实验数据用AMOVA软件计算