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本文在运用理论模型描述R＆D投资结构对创新系统产出具有重要影响的基础上，利用1990-2006年中国创新系统数据，对R＆D投资分配结构与自主创新的长期均衡关系进行实证检验，结果显示：R＆D三个流向投资与自主创新均存在长期均衡关系，但是各因子的影响程度并不相同。因此，本文进一步运用数据包络方法对基于投资流向的R＆D投资结构效率进行定量研究，并提出优化方案。