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蔡元培主政北京大学后所进行的学科改革,在中国现代大学学科设置及院系体制建构中有着重要的象征意义。其改革的基本思路,是以德国大学模式为蓝本,将北大办成文理两科为主的研究性大学。＂注重文理＂、停办工、商两科等措施的实施,逐渐形成了大学、学院与学系三级体制。这套院系新体制为全国其他高校所效仿,也为南京国民政府教育部所认可。中国现代大学学科与院系体制,正式以国民政府法令形式最后确定下来。