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以往对于柔性作业车间调度的研究,未考虑一种产品存在多个相同工件,这不符合车间的实际情况.为了克服这一缺陷,同时考虑柔性作业车间调度过程中机器负载及空载状态的能耗,建立了低碳柔性作业车间调度的多目标混合整数规划数学模型,以机器能耗成本和总完工时间成本加权和最小为目标.根据所建模型的特点,在二层编码遗传算法的基础上,提出三层编码遗传算法,增加一层用于表示同种产品的不同工件.同时对于三层编码遗传算法的交叉和变异算子进行重新设计,并运用柔性作业车间调度的测试算例进行算法有效性的验证.然后,运用该算法求解同种产品存在多个工件的柔性车间调度问题.最后通过取不同的权重得到101组不同的解,并基于数据包络分析得到其中的非支配解,绘制Pareto前沿线,验证该算法的有效性.