区分行政协议与行政许可,对行政协议进行科学理解、运用,需要解释实践中广泛出现的行政协议许可化现象。从最早脱胎于行政审批制的国有土地使用权出让协议的制度变迁史来看,行政协议的许可化表现为两方面,一方面是协议的实体内容由行政许可规定,另一方面是签订程序采取行政许可的申请—审批制。行政协议许可化的根源在于资源的公共性与有限性,二者决定了行政协议必须通过许可化来满足公共资源出让的法治化要求。而行政协议与行政许可在行为构造和功能上的高度相似性又为行政协议许可化提供了行为形式上的可能性。不过,鉴于公共资源用途上的多元性,许可化并不意味着行政协议不具有独立存在价值。行政协议的许可化要求公共资源出让类行政协议整体上应与行政许可杂糅一体,行政协议的制度建构、纠纷解决与具体运用都必须充分尊重并适用《行政许可法》的相关规定,以许可化为方法。