【摘 要】
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目的:利用生物信息学方法挖掘GEO数据,分析并筛选骨关节炎(osteoarthritis,OA)患者关节软骨与正常关节软骨间的差异基因,明确铁死亡相关差异基因的表达.方法:在GEO数据库中检索并下载GSE114007数据,利用DESeq软件筛选出OA和正常志愿者软骨组织差异mRNA;利用WebGestalt网站对差异表达的mRNA做京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)富集分析,筛选出铁死亡相关的差异基因;在正常膝关节软骨标本,
【机 构】
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南通大学附属医院骨科,南通226001;南通大学附属海门医院骨科
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目的:利用生物信息学方法挖掘GEO数据,分析并筛选骨关节炎(osteoarthritis,OA)患者关节软骨与正常关节软骨间的差异基因,明确铁死亡相关差异基因的表达.方法:在GEO数据库中检索并下载GSE114007数据,利用DESeq软件筛选出OA和正常志愿者软骨组织差异mRNA;利用WebGestalt网站对差异表达的mRNA做京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)富集分析,筛选出铁死亡相关的差异基因;在正常膝关节软骨标本,中期、晚期OA患者膝关节软骨标本中验证铁死亡相关差异基因血红素加氧酶1(heme oxygenase 1,HMOX1)的表达变化.结果:GSE114007的软骨组织mRNA-seq表达矩阵分析显示:两组之间共有2694个差异基因,其中1304个基因高表达,1390个低表达.高表达基因的KEGG富集分析结果显示,高表达基因显著富集在细胞黏附、矿物质吸收、细胞铁死亡等通路.Western Blot结果显示在组织样本中铁死亡相关基因HMOX1的表达随OA病程严重程度的增加而显著增高.结论:HMOX1的表达随OA病程严重程度的增加而升高,可能参与OA的病程进展.
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