环境保护税属于特别目的税，以直接向环境排放应税污染物的企业事业单位和其他生产经营者为纳税人，目的在于保护和改善环境，促进社会节能减排，推进生态文明建设。首都经贸大学教授丁芸在接受记者采访时认为，环境保护税的税款使用应与其目的相对应。但《征求意见稿》第二十八条规定，“本法施行后，对依照本法规定征收环境保护税的，不再征收排污费。原由排污费安排的支出纳入财政预算安排。”在税款使用方面，与《排污费征收使用管理条例》规定的专款专用模式显著不同，《征求意见稿》中采取了收支分离的模式。根据上述规定，将原来由排污费实现的财政支出改由整体财政来支持。这种收支分离模式，无法体现环境保护税的特殊目的税性质。
　　关于环境保护税的收入是统一纳入财政预算还是专款专用，首都经济贸易大学教授丁芸关注到，在《征求意见稿》中，未具体规定环境保护税的收入的使用方法。环境保护税属于特殊目的税，与原排污费制度极为相似。排污费是应用专款专用的使用制度。并且，在OECD国家及美国等发达国家，环境税大部分是专款专用的分配制度。首先，排污费改税的过程中，税收收入从环保部门转移到税务部门，专款专用的分配制度能有效解决部门间的衔接问题。其次，由于污染具有区域外溢性的特征，因此，她认为，应将环境保护税设为中央地方共享税。尤其是营改增后，地方政府的收入来源减少，对土地等具有较强的依赖性开征环境保护税后，如果将其身为共享税，地方占较大比例，那么不仅可以增加地方政府的财政收入，还能够调动环境保护税在地方征收的积极性。
　　丁芸同时表示，当然，将环保税税收收入专款专用，是一种过渡性措施。其有利有弊，优势在于易于被纳税人接受，降低税收痛感，有利于保护环境。但是，专款专用在长期运行过程中，妨碍政府优化财政资金支出结构，降低资源配置效率。结合我国实际国情，我国环保税属于初期阶段，环保资金紧缺，专款专用有利于筹集环保资金。在环境保护税以后的发展阶段可以根据实际情况进行适当的改革、修正和完善。在分税制改革的条件下，环境保护税应作为中央地方共享税，环境保护收入应在国税和地税之间合理分配。分配比例应地方收入占较大比例，具体比例可以为3：7。这种分配方式有利于调动地方政府治理污染的积极性。
　　丁芸进一步解释，在我国环境污染日趋严重的情况下，环保税采取专款专用的分配制度，不仅能够保证与排污费制度的衔接，而且有利于保障治理污染的资金的稳定。专款专用具有两种模式，分别是税款收支的专用账户和专门的基金制度。专门基金的分配方式在我国应用很少，因此，环境保护税法采取税款收支的专用账户较好，可以保证实现专款专用。排污费的收入专款专用的利用率在逐年上升，但是，仍存在浪费现象。在环境保护税的收入使用过程中应加以注意，并采取有效措施保证专款专用的顺利实施。
　　而中央财经大学财政学院教授白彦锋则认为，环保税的税收入应纳入一般公共预算、统筹使用。他认为，环保税专款专用很可能导致环保税自身封闭运行，同时也会对一般公共预算造成肢解，导致预算碎片化，形成预算管理中的“国中之国”。2003年至2013年间，我国累计征收的排污费收入也只有1 700多亿元，这样的规模显然难以支撑我国推进环保事业的发展需要。更为重要的是，党的十八届三中全会指出，要“清理规范重点支出同财政收支增幅或生产总值挂钩事项，一般不采取挂钩方式。”环保税税收收入专款专用，将会使预算失去灵活性，同时也不利于保证环保事业的投入和发展。