南科大去筹转正六年间，虽然经历波折，与社会各界的高期望值相比、与国际名校对标尚需努力，但对于一个仅有六年短暂历史的学校而言，已足以令人尊敬。
　　在当前中国新一轮城市竞争中，尤其是在人才大战白热化的今天，科技人才、科技创新对一座城市竞争力的提升是不可或缺的。相对于内地一些高校云集的城市，深圳在这方面有着天生的短板。正因为此，深圳一方面积极吸引国内外高等院所在深圳建立分部，另一方面也在抓紧本地大学的培育壮大。南科大可以说得天独厚、生逢其时。
　　南科大为什么被寄予厚望？就因为它承担着为中国高等教育改革探路的重任。回首六年来南科大的改革创新，在人事改革、招生培养、科研制度、党建与新型育人体系，以及大学治理模式等方面，都担当了先行先试的角色，为中国高等教育的改革创新积累了宝贵经验。
　　在办学理念的创新方面，南科大始终坚持“扎根中国大地，创建世界一流大学”的办学追求；打破常规，快速完善学科设置，聚集一流师资，培养拔尖人才；突出“创知、创新、创业”的办学特色，强化“小而精、国际化、创新型”，直接面向国家发展战略和珠三角战略性新兴产业发展的重大需求设置学科专业和重大研究平台。
　　2011年5月，深圳市政府制定颁布《南方科技大学管理暂行办法》，以“一校一法”形式创新和规范学校的管理和运作，保障办学自主权；2015年11月，学校出台《南方科技大学章程》继续完善学校治理制度，构建特色突出的管理体制，以及有特色的理事会治理体制，市长任理事长，理事会是学校最高决策机构。在内部治理方面，坚持党委领导下的校长负责制，建立多层次的民主、科学决策体系，充分保障教授治学、学术自治。
　　在人才培养模式上，南科大瞄准人才培养的关键环节发力，学校关于自主招生、通识培养、学真本事等方面的提法，均在全国引起强烈反响；率先改革招生制度，采用“631”基于高考的综合评价录取模式，面向全国招收优秀学生。
　　南科大在人事管理方面，完善了“按需设岗、竞聘上岗、择优聘用、合同管理”的全员聘用制度；全面实施国际通用的终身聘期制（Tenured）、准终身聘期制（Tenure-track）和固定聘期制（Non-Tenure）教师分类聘用、考核评估、晋升制度体系，建立教师晋升和退出机制。
　　科研制度创新是大学发展的关键，南科大推进开放式科研体系建设，积极鼓励学者之间、学科之间的交叉与融合；建立校级交叉研究平台，促进跨学科交流、合作，强化交叉研究項目的组织。在此基础上，超前布局了量子科学、人工智能等前沿领域，建设一批高水平交叉研究和协同创新团队；实行独立课题组项目负责人制（PI制）；建立激励机制，实现教授、企业、学校三方股份分成的收益机制；探索技术转移市场化运作模式，建立专业的技术转移队伍和机制。
　　在党建工作方面，学校坚持落实党的教育方针和社会主义办学方向，充分发挥党委核心领导作用，构建形成“党的全面领导 现代大学治理”的大学党建的新模式。
　　南科大的办学实践得益于许多因素。首先，从2007年提出创建南科大迄今的十余年间，中国高等教育从规模走向效益，更追求特色和质量。二是地方政府重视高等教育的观念已经相当深入。深圳的远见在于，在10年前就有了这样的前瞻性，将南科大的建设放在服务创新型城市建设和提升城市竞争力战略布局的重要位置上，并且在经费上大力投入，在制度上创新改革，这是南科大发展的重要保障。三是南科大的发展并非摸着石头过河，而是从一开始就借鉴世界一流大学的先进经验，进行了顶层设计。四是全社会对改革创新的热切期待和宽容的改革氛围。南科大在创办之初一度卷入舆论的中心，今天看来，无论是质疑还是褒奖，都是对改革的关注，某种意义上也是对高等教育创新的推动。
　　南科大的改革创新是高等教育发展的生动样本。按照南科大的发展战略，学校从现在到2049年建国一百周年之际，分“三步走”建立世界一流大学，并努力成为中国特色社会主义大学的范例。2018年4月，南科大第二届理事会第二次会议又明确提出大力加强一流学科和一流大学建设，南科大的改革创新仍在路上。