基于动态权重匹配的RNA折叠算法

来源 :生物数学学报 | 被引量 : 0次 | 上传用户：j19871010

【摘要】

：

本文在最大权重匹配（Maximum Weighted Matching，MWM）算法的基顾础上引入与茎区长度相关的动态权重，采用一种递归算法逐步寻找具有最大权重和的茎区。从而最终确定RNA的二级结构．

【作者】

：

陆健刘海军姚勤王勇陈克平

【机构】

：

江苏大学生命科学研究院

【出处】

：

生物数学学报

【发表日期】

：

2008年4期

【关键词】

：

RNA二级结构假结动态权重匹配 RNA secondary structure Pseudoknots Dynamic weighted matching

【基金项目】

：

江苏高校自然科学研究计划项目（06KJB180016）,国家重点基础研究发展计划（973计划）（2005CB121000）江苏大学青年自然科学基金（JDQ03011）.

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本文在最大权重匹配（Maximum Weighted Matching，MWM）算法的基顾础上引入与茎区长度相关的动态权重，采用一种递归算法逐步寻找具有最大权重和的茎区。从而最终确定RNA的二级结构．该算法避开了繁杂的自由能计算，同样也能达到较高的预测精确度并且还能预测到大多数类型的潜在假结（pseudoknots）．

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