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近年来，科研经费的使用效益遭到社会各界的质疑，个别高校科研经费使用中出现了一些比较突出的问题，如：擅自调整预算、扩大科研项目开支范围、大额划转科研经费、虚构经济业务或通过非法手段取得票据套取科研经费等。本文从财务管理的角度，揭示科研经费管理中存在的问题，分析了问题产生的根源，为了提高资金使用效益，科研管理相关部门应积极着手建立项目信息库，实现信息共享，同时修订科研经费管理办法，尊重科研人员的劳动，并且改进科研项目评价办法，多角度评价科研成绩。