石榴GST基因家族全基因组鉴定及表达分析

来源 :分子植物育种 | 被引量 : 0次 | 上传用户:ldc6213
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
谷胱甘肽硫-转移酶(glutathione-S-transferase,GST)是一类重要的多功能蛋白酶(EC 2.5.1.18),可参与解毒作用、抵御生物与非生物胁迫以及次级代谢物质运输.本研究以石榴(Punica granatum)为材料,在其全基因组中共鉴定到44个PgGSTs基因家族成员.44个成员编码蛋白氨基酸长度为103~417 aa,分子量为11.87~47.42 kD,理论等电点在4.96~9.34,大部分成员定位于细胞质.进化分析显示,PgGSTs可以划分为8个亚家族,石榴U型和F型亚家族成员居多数.其中43个基因家族成员均含有GST N保守基序motif 1和motif 2.染色体定位与共线性分析显示,44个成员在8条染色体不均匀分布,存在10处串联重复,并与苹果MdGSTs具有更近的基因进化起源关系.上游2 kb区域顺式作用元件分析表明,该基因家族成员能够响应非生物胁迫、植物激素等刺激.转录组表达分析显示PgGST有一定的组织表达特异性,其中PgGSTF3可能参与了成熟花和果实外种皮花青苷转运积累过程.本研究可为深入研究石榴GST基因家族生物学功能提供理论基础.
其他文献
生长素在植物生长发育过程中具有多方面的调控作用,生长素受体是生长素信号分子通路的关键组分之一,但目前对大白菜中生长素受体基因相关研究未见报道.本研究在白菜基因组中共鉴定到10个TIR1/AFB(Transport inhibitor response 1/auxin signaling F-box protein)生长素受体基因家族成员,在系统进化树上可聚类为6个分支,并依据其与拟南芥TIR1/AFB家族基因的系统发育进化关系命名为BrTIR1/AFBs.基因染色体定位分析结果表明,这10个BrTIR1/
参薯(Dioscorea alata)在热带和亚热带广泛种植,为该地区的人提供了粮食,具有重要的经济价值.miR156及其靶基因SPL对植物的生长发育的调控起到重要的作用,为了分析参薯中miR156-SPL的调控模块,本研究对参薯miR156基因位点和对应靶基因进行预测和验证.基于参薯基因组以及转录组信息,一共得到DamiR156的8个基因位点,预测了miR156的6个靶基因,其中4个属于SPL基因家族.多序列比对分析发现8个Da-miR156的前体序列在发卡区高度保守,根据序列同源性可以分为3组.表达谱
为了解决东方百合花型单一、花粉量大、污染花瓣影响美观以及引起部分人群花粉过敏等问题,本研究以东方百合\'Siberia\'为材料,提取其雌蕊总RNA,通过RT-PCR方法克隆得到2个cDNA片段,其全长分别为795bp和678bp,分别编码264aa和225aa,GC含量分别为46.7%和43.2%,这两个基因片段与其他百合属AG基因同源性分别在85%和70%以上,且发现两个蛋白均属于碱性不稳定疏水蛋白.此外,2个基因均具有保守的MADS-box区、K区及典型的AG Ⅰ和AGⅡ区,进一步说明2个基
本研究利用同源克隆方法从黄瓜(Cucumis sativus L.)顶芽中克隆获得APETALA2 (AP2)同源基因CsAP2的cDNA序列.序列分析表明,CsAP2基因cDNA序列的完整开放阅读框(ORF)为1452 bp,编码483个氨基酸,其分子质量为53359,理论等电点为5.59.多序列比对和系统进化分析表明,CsAP2位于A类基因AP2分支,包含两个保守的AP2结构域.CsAP2与甜瓜CmAP2的同源性最高,为97.7%.CsAP2定位在细胞核.实时荧光定量PCR显示,CsAP2基因在营养器
本研究为揭示软枣猕猴桃中无色花色素双加氧酶(leucoanthocyanidin dioxygenase,LDOX)基因结构及其功能.运用生物信息学方法对软枣猕猴桃LDOX核苷酸及氨基酸序列进行深入分析,构建LDOX基因的蛋白互作网络,并进行GO及KEGG功能注释分析.结果显示:软枣猕猴桃与野茶树、以南高丛蓝莓、蓝莓、金银花及胡萝 卜亲缘关系较近,含有10个保守基序.顺式调控元件主要参与ABA信号途径、响应干旱应答,厌氧诱导、赤霉素、生长素响应因子、MeJA反应、低温响应、光刺激应答响应元件.LDOX理化
GRF (Growth-regulating factor)基因家族是一种广泛分布于种子植物的转录因子,在调节植物的生长、发育中发挥重要的作用.本研究从葡萄基因组鉴定出8个VvGRF基因,命名为VvGRF1~VvGRF8.采用生物信息学的方法,系统地对葡萄VvGRF家族的蛋白理化性质、进化关系、保守基序及在不同发育时期的差异性表达进行预测和分析.结果 表明,VvGRF基因内含子与外显子数量差异较小,在所有预测蛋白的N端含有两个典型的保守结构域QLQ与WRC;系统进化分析将GRF家族成员分为6组,其中葡萄与
温度是影响植物生长发育重要的环境因子之一,光敏色素互作因子PIF4是植物响应温和高温的核心基因,明确MdPIF4在苹果温度响应中的作用具有重要意义.本研究克隆了MdPIF4的编码区和启动子序列,分析了MdPIF4的表达情况,对MdPIF4转录激活活性进行了分析和互作蛋白筛选,并在野生型拟南芥中异源过表达了MdPIF4.结果 显示:MdPIF4基因编码区包含1656 bp的核苷酸,编码551个氨基酸,预测其蛋白质分子质量为60670.87 Da,等电点为6.63.MdPIF4在苹果叶片中的表达量最高,其次为
为探求两种不同花色类型的垂花百合花色变异机制,本研究以相同生境下不同花色的垂花百合(Lilium cernuum)花瓣为材料,利用高通量测序技术建立了花发育过程和两种花色类型的转录组数据库,并针对花色苷合成代谢途径的结构基因和转录因子进行差异筛选.结果 表明,测序共获得57521条Unigene,对比不同阶段花器官中花色苷合成的结构基因表达差异情况,筛选出DFR、CHS、ANR、ANS和FOMT共5条结构基因,以及MYB14、MYB98、MYBC1、PHL7、PHL8、细胞色素P45094A1、bHLH3
为了探究B型细胞分裂素响应因子RR在苹果腋芽萌发中的功能,以难分枝的一年生\'长富2号\'/T337/八棱海棠苹果苗为试验材料,从其腋芽中克隆得到细胞分裂素响应因子家族的1个关键基因MdRR1,其开放阅读框长度为2025bp,编码674个氨基酸.实时荧光定量PCR分析表明,MdRR1在根中表达量最高,而在腋芽等其他部位较少;6-BA和去顶处理后,MdRR1在腋芽中的表达量显著下调,去顶加Lovastatin(细胞分裂素合成抑制剂)处理与仅去顶处理相比,MdRR1的表达量在处理6h显著上调.亚细胞定
油棕(Elaeis guineensis Jacq.)是世界上最重要的油料作物之一,其中果皮含有的棕榈油极其丰富.MYB蛋白是一类广泛存在于真核生物中的转录因子,在植物的生长发育中发挥重要调控作用.本研究基于油棕中果皮转录组的测序结果为基础,利用生物信息学对油棕MYB基因家族进行全面鉴定,并对这些基因的结构、保守域和果实发育不同时期动态表达进行研究,解析油棕MYB转录因子在油棕发育过程中的生物学功能.结果 发现,本研究中的38个油棕MYB转录因子,包含26个R2R3-MYB型和8个MYB-related型