计算识别水稻基因组中microRNA基因

来源 :西北农林科技大学学报(自然科学版) | 被引量 : 0次 | 上传用户：phirst

【摘要】

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一些低丰度的miRNA和组织特异性miRNA往往很难发现，利用生物信息学方法，根据已知水稻miRNA的各种属性，设计miRNA前体预测程序—PreMiRFind，从全基因组范围中预测出1375条miRNA前

【作者】

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金伟波吴方丽孔栋郭蔼光杨淑慎

【机构】

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西北农林科技大学生命科学学院,西北农林科技大学陕西省农业分子生物学重点实验室

【出处】

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西北农林科技大学学报(自然科学版)

【发表日期】

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2006年12期

【关键词】

：

水稻基因组 RNAfold MICRORNA rice genome RNAfold microRNA

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一些低丰度的miRNA和组织特异性miRNA往往很难发现，利用生物信息学方法，根据已知水稻miRNA的各种属性，设计miRNA前体预测程序—PreMiRFind，从全基因组范围中预测出1375条miRNA前体，然后利用已知拟南芥的miRNA对这1375条前体进行同源检索，找出166条miRNA前体，再用水稻已知的miRNA对这166条序列进行检索，发现其中153条与已知的水稻microRNA完全相同，对剩余的13条miRNA前体预测序列用mFold作进一步结构分析，最后得到10条新的候选miRNA基因序列

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