经过野外调查和相关文献的分析,统计出三江源自然保护区湿地种子植物共计33科94属219种,毛茛科(Ranunculaceae)、十字花科(Cruciferae)、龙胆科(Gentianaceae)等7个科是三江源湿地植物常见的大科。苔草属(Carex)、马先蒿属(Pedicularis)、毛茛属(Ranunculus)、龙胆属(Gentiana)的植物在三江源湿地中最为常见。蔵嵩草(Kobresia tibetica)、高山嵩草(K.pygmae)、华扁穗(Blysmus sinocompressus)、杉叶藻(Hippuris vulgari)、海韭菜(Triglochin maritimum)等植物作为建群种或优势种在维持湿地植物群落稳定性起着重要的作用。在科的分布类型上,世界分布的科占绝对优势,超过总数的3/4;属的分布上,温带性质十分明显,北温带分布及其变型为最主要分布类型,其次为世界分布;种的分布以北温带分布和世界分布为主,温带性质明显,也有较多其他分布类型的种,水生植物,尤其淡水植物多为世界分布。该地区共有13个特有种,其中,7个为青海特有种,2个为青藏共有特有种。