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基于创新概念的提出与发展过程，对创新在国家和区域建设发展方面的重要性进行阐述，并从国外创新型城市的出现和国内创新型城市建设的兴起两个角度论述了长三角城市群副中心创新型城市建设的背景。在此基础上构建创新型城市的多维评价指标体系，运用主成分分析法对合肥、南京、杭州3个城市的创新水平进行评价，研究结果表明：在至少2个一级指标水平和总水平上，南京多年领先于其他2个城市但三者之间的差距呈现逐步缩小的趋势。通过对合肥市创新指数的逐年比较，分析相关指标变化的原因并提出相应的政策建议。