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一是国库会计核算系统不断升级和新系统的逐步推广’会计操作程序、核算流程发生了根本变化，但制度建设未能实现与业务发展同步。二是内控制度建设缺乏整体性。相关内容零碎地分散在各项法规、制度以及文件规定之中，没形成一套完整、系统性的内控制度、业务操作规程和内控评价标准，弱化了业务操作过程和内控管理的系统性、严密性和完整性。三是基层国库内控制度建设形式重于实质，操作性较差。在具体业务操作上缺乏制度约束，操作员在业务处理时随意性偏大。