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肠道微生物是机体中"被忽视的器官",但与机体健康密切相关,近年来正成为研究的热点。大部分中药通过肠道菌的代谢而发挥作用,而肠道菌群也参与了多种疾病的发生发展过程。本文从肠道菌代谢的应用角度综述生理和病理状态下肠道菌群结构变化和对中药的代谢研究,并对当前已取得的成果及尚存在的问题作出总结,为中药多方向研究提供思路。