目的：探讨对功能性消化不良以莫沙必利和吗丁啉进行治疗所取得的临床效果，并对其安全性进行分析。方法：选择曾在我院进行治疗的功能性消化不良患者70例，将这些患者随机分为数量相等的两组，并将这两组患者分别作为观察组与对照组，对照组中患者以吗丁啉对其进行治疗，观察患者以莫沙必利对其进行治疗，观察两组患者的临床治疗效果以及所出现的不良反应，并对其进行分析比较。结果：在完成治疗之后，观察两组患者的临床治疗效果，观察组中患者的临床治疗总有效率为94．3％，对照组中患者的临床治疗总有效率为71．4％；研究组不良反应发生率仅为9．68％，显著低于对照组不良反应发生率25．81％，对比结果具有统计学意义（P＜0．05）。结论：对功能性消化不良以莫沙必利与吗丁啉进行治疗，均能够取得一定程度的临床治疗效果，但莫沙必利的临床治疗效果要优于吗丁啉，更能够有效减轻患者病痛，改善患者生活质量，并且在治疗过程中无不良反应出现，在临床上可选择莫沙必利对功能性消化不良进行治疗。