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专项资金管理水平的高低关系到科研成果转化的成本高低，也影响到科研成果转化的成败。目前，我国在科技成果转化专项资金管理中的资金拨付、使用、结算方面由于缺乏充足的经验可以借鉴，使得现行专项资金管理制度和程序仍然需要进一步的规范。要解决专项资金管理存在的问题，必须规范科技成果转化专项资金的会计核算，加强科技成果转化专项资金的追踪监督，提高专项资金的使用效益，以保证科技成果顺利转化为新的生产力，为加快科技创新成果产业化作出贡献。