应用外部引导序列切割人巨细胞病毒UL148 RNA的研究

来源 :中华实验和临床病毒学杂志 | 被引量 : 0次 | 上传用户:kpdavid
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目的

研究人巨细胞病毒(Human cytomegalovirus, HCMV)临床病毒株UL/b′区域UL148基因功能及抗HCMV治疗新策略,应用DNA性质外部引导序列(External guide sequences,EGS)在体外抑制UL148 RNA的表达。

方法

应用RNA structure生物软件模拟UL148 RNA二级结构,选择二级结构相对简单的区域设计EGS,并合成EGS核苷酸序列。应用PCR方法分别扩增UL148及M1RNA基因,克隆至T7启动子下游,在T7 RNA聚合酶的作用下,体外转录UL148 RNA及M1RNA,其中UL148以32P标记并进行体外转录。混合EGS、M1RNA及UL148 RNA于切割反应液中,反应1 h后,进行尿素变性聚丙烯酰胺凝胶电泳分离,Typhoon扫描仪观察结果。

结果

根据UL148 RNA二级结构选取第58~72位碱基作为EGS结合区域,其切割位点位于57位,针对此区域设计EGS57,并在体外进行EGS57与UL148 RNA结合的二级结构的模拟,可形成M1RNA天然作用底物类似的茎环结构。在T7 RNA聚合酶的作用下,分别在体外转录M1RNA及UL148 RNA,其大小均与预期相符。经切割反应,可获得与预期切割位点相符的切割条带。

结论

EGS57可切割UL148 RNA,其切割位点准确,与预期相符。该研究为进一步探讨UL148基因功能提供有效基因沉默工具。

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