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新型隐球菌是一种广泛存在于土壤中的圆形或卵圆形形状的溶组织酵母型真菌，菌体直径4～6μm大小，易于在干燥的碱性和富含氮类物质的土壤中繁殖，特别是在含有鸽子、火鸡和其他鸟类粪便的土壤中。含有致病菌的尘土是人类新型隐球菌感染的主要传染源。在健康人群的皮肤和胃肠道也可以分离出新型隐球菌，但其并不致病。新型隐球菌在适宜生长的人体组织内迅速以出芽的方式进行繁殖，体积可以增大到7～20μm，并形成荚膜，致病力和耐药性显著增加，在此繁殖过程中不形成菌丝和孢子。