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区域协同创新已成为区域合作创新的新趋势。文章对闽台区域协同创新的进展进行梳理,认为闽台协同创新程度受制于两岸政治关系、科技综合实力差距及体制机制等因素,还未达到协同创新的高级阶段。闽台协同创新可采用产业价值链协同创新、产学研创新联盟、虚拟知识联盟等协同模式加以深化,并针对不同的模式提出两地协同创新的发展路径与对策建议。