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化学标记语言CML已得到广泛应用，目前web上存在着大量的以CML表示的化学结构信息，google、百度等Web搜索引擎只能实现对文本的检索，无法实现对化学结构的检索。本文在分析CML特点的基础上，介绍了提取与验证web上CML表示的化学结构信息的方法。利用Daylight公司的THOR—Merlin化学信息数据库系统，提出一种化学结构搜索引擎的设计方案。