经过多年的发展和积累，我国整体创新能力显著增强，许多科技和创新指标已经显现出整体上的数量优势，部分领域甚至达到了世界领先水平。综合判断，当前我国创新发展到了从数量持续累积向质量不断提升的新阶段，迎来重要历史机遇，同时也面临诸多挑战。
　　我国创新正处于从数量积累向质量升级的关键阶段
　　科技投入和产出数量居世界前列，但质量和效率仍需提升。目前，我国研发经费支出总量稳居世界第二，占GDP的比重达到2.1%，超过了经合组织国家的平均水平，研发人员总数也居世界第一。自2011年起，中国专利部门受理的专利申请量已连续6年为世界第一；国际科技论文发表量连续6年位居世界第二，接近美国。但是，基础研究投入占研发总支出的比例较低，与主要发达国家有很大差距。成果转化效率与欧洲国家大体上处于相近的水平，但是与美国相比还有非常大的改善空间。
　　新技术应用、新业态蓬勃发展，但核心技术仍是短板。新材料、新能源、机器人、生物制药、第五代移动通信等新兴产业快速发展，在线医疗、在线教育、移动支付等新业态保持高速增长，为中国经济转型升级提供了新活力和新动能。中国数字经济总体规模仅次于美国，而且赶超势头强劲。创新创业活动踊跃，2016年全国新登记企业达到552.8万户，平均每天新登记1.51万户；风险投资总额大约占全球的1/4，“独角兽”（估值超过10亿美元的科技型创业企业）的数量超过全球的1/3。但是，许多新兴业态仍以商业模式创新为主，核心技术水平与发达国家仍有较大差距。如，我国互联网龙头企业阿里巴巴和百度的全球专利申請量仅为美国谷歌公司的1/5左右，而且大部分是国内专利。
　　创新型企业数量不断增加，但整体创新能力和动力不足。中国创新型企业在国际上的地位快速提升，数量不断增加。2016年《全球创新1000强企业研究报告》显示，全球研发支出最高的1000家上市公司中有130家中国企业。但企业的整体创新能力和动力仍不足，基础工业配套能力不强。规模以上工业企业研发经费支出仅占主营业务收入的0.9%左右，与发达国家相比存在显著差距。企业管理能力不强，技术扩散较慢，信息化水平比发达国家落后5-10年。有研究表明，目前只有9%的中国企业拥有专利，只有5.8%拥有多项专利。知识产权保护不力、质量标准体系不健全和执法不严、政府采购支持力度较小等问题，也影响了企业的创新动力。
　　创新政策体系更加丰富，但互不协调问题仍突出。中国创新政策已经从以科技政策为主转向包含创新链条各环节的综合政策体系，政策工具从财政资助和税收优惠为主转向更加注重体制机制改革和调动社会积极性。但政出多门、政策不协调、落实不到位的问题仍比较突出。如，科技成果转化政策与国有资产管理制度之间、开放创新与对外投资管理体制之间等仍存在一些不协调、方向不一致问题。
　　抓住关键环节，以体制机制优化带动创新质量提升
　　加强统筹协调、完善管理机制，提高财政资金使用效率。其一，围绕国家科教领导小组完善统筹协调机制，针对科技计划管理、体制改革和创新政策等重大议题建立部级联席会议机制，加强对政策一致性和实施效果的评估，加大政策落实力度。其二，对人工智能、机器人、生物技术、可再生能源、量子计算等新兴技术应提前布局，做好战略研究。对传统产业的核心元器件、关键装备和基础工艺等“瓶颈”难题，应重点支持关键共性技术研发。在财政科技资源配置和项目布局上多采取“自下而上”的方式，集众人之智、听取企业意见，更多发挥社会力量和市场选择作用，减少决策失误。其三，以专业化机构替代政府部门来管理科技计划项目，这是我国新一轮科技体制改革的重点任务之一，也是推动政府职能转变、提升服务水平和加强监督机制的一项重要改革试点。目前重点任务在于培育社会化的科技项目管理专业机构：一是继续改造和完善现有的事业单位制专业机构，推动部分机构开展社会化转制试点；二是吸收现有的社会化机构参与科技项目管理工作，在实践中培养其能力。此外，要处理好政府管理部门与社会化专业机构的关系。
　　增强原始创新能力，促进科技成果转化。成功实现追赶的后发国家有一个普遍规律，那就是当经济发展达到一定水平的时候，基础研究投入会快速增长。我国目前也到了需要大幅增加基础研究投入的阶段。应统筹基础研究和应用研究的需要，加大科学研究支出比重，提高科技成果供给质量。加强大科学中心重大设施建设，逐步完善科学中心和国家实验室管理制度，以绩效考核、奖励等方式促进大科学设施开放共享。支持企业承担和参与需求导向的基础研究计划，提高基础研究的国际合作水平。同时，加强高校和科研院所的专业化技术转移队伍建设，培育社会化的专业技术转移机构，促进基础研究成果与企业、市场需求的对接。修改《国有资产评估管理办法》，对成果转化涉及的国有资产采取例外处理方式。适当调整科技成果转化净收益中分配给科研团队的最低比例，将部分分配权力还给高校和科研机构。我国科技成果转化促进法规定转化净收益50%以上给科研团队，但是现在很多省市把这个比例提高到了70%-90%，甚至不设上限，这不符合国际上的一般规律。应合理分配成果转移转化收入，调动发明人、投资方和科研依托单位等各方参与成果转化的积极性，此外还应适度降低科技成果转化收益的税率。
　　构建鼓励创新的监管体制，以新技术带动传统产业升级。坚持鼓励创新和包容审慎的原则，采取既具弹性又规范的市场准入监管。既要破除影响新技术、新产品、新业态发展的制度障碍，又要对潜在风险做到早发现、早化解，促进行业规范健康发展。尽快完善鼓励创新的政府采购政策。加大政府对创新产品和服务的采购力度，发挥政府采购培育早期市场的作用。逐步形成崇尚梦想、敢于挑战、包容失败、开放共享的创新文化和社会心态。另外，发挥新技术、新业态、新模式的带动作用，推动传统产业生产、管理和营销模式变革。促进大数据、云计算、物联网等新技术的高速发展和深度应用，帮助制造业企业更加了解广大消费者需求结构的变化和升级，促进与消费者之间的供需对接，实现企业的低库存和高利润，创造新的产品和市场。推进工业互联网示范应用，将制造业的生产系统与网络平台连接融合，实现数字化、高质量、个性化定制的智能制造模式，大幅改进工业生产流程效率。
　　优化资源配置和制度环境，提升企业创新动力和能力。目前，高技术产业的利润率仍远低于金融、房地产等虚拟经济领域，创新的机会成本过高。应继续深化供给侧结构性改革，营造公平竞争的市场环境，发挥市场配置创新要素的作用。开放更多行政性垄断行业的准入，给创新创业提供更大的市场空间。消除对不同规模、不同所有制企业的歧视性政策，公平对待各类有创新积极性的企业。有效发挥质量标准体系的作用，倒逼传统产业改造升级。建立以标准为重要依据的市场准入、退出及激励机制，统一执法标准、加大处罚力度。有效保护知识产权，促进知识产权高效运用。加强新领域的知识产权立法，探索建立跨省份的知识产权上诉法庭，加大对知识产权侵权假冒的处罚力度。提高知识产权授权审查标准，加强专利审查能力建设，规范专利代理行业，提高服务水平和能力。加强知识产权公共信息平台建设，积极参与知识产权国际规则制定。坚持开放创新，鼓励企业利用国际创新要素提升创新能力。进一步放松外籍高端创新人才办理签证和绿卡的门槛，放松对国内企业使用境外风险投资以及境外人员在国内开展科技成果转化等创新创业活动的限制。对本土企业按照国际规则并购、合资、参股国外创新型企业给予投资审查的“绿色通道”，支持企业建立海外研发机构。