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近几年，随着分子生物学的发展，以16S rDNA基因为分子标记的高通量测序技术凭借低成本、高通量、流程自动化的优势为研究转基因作物对根际细菌群落结构的影响提供了新的技术平台。归纳介绍了基于16S rDNA扩增子高通量测序技术在评价转基因作物对根际细菌群落结构及多样性等方面应用的研究进展，总结了16S rDNA扩增子高通量测序技术应用中存在的问题，并分析展望其在土壤微生物多样性研究中的发展趋势。