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采用因子分析法获取创新主体变量，构建随机前沿模型考察了创新主体及交互作用对区域创新效率的影响差异。研究发现：政府对创新效率的正向促进作用随时问先增大后减小，呈倒U型趋势；企业对区域创新效率有短期正向影响，长期效应不明显；高校科研机构仅在滞后一期和两期时对创新效率有微弱正向促进作用；企业和高校科研机构的交互作用在短期对区域创新效率的提高无显著影响，而长期影响显著；政府和企业的交互作用对创新效率始终无明显促进作用，政府和高校科研机构的交互作用对创新效率的提高则有阻碍作用。