2012—2019年，在我国伊犁河流域的6个断面开展了鱼类群落结构调查，结果显示我国伊犁河流域现有鱼类共计29种，大多属于鲤形目。鱼类群落组成与20世纪末期相比发生了变化，银色裂腹鱼、短头鲃、银鲫、鲢、北方泥鳅在本研究中未出现，尤其是银色裂腹鱼，截至目前为止的鱼类资源调查中，均无捕获记录。历史研究中未见的乌鳢与大口鲇在本研究中有捕获。外来鱼类的出现率和数量均有所增加。对鱼类群落结构特征进行分析，显示伊犁河流域鱼类群落多样性较低，下游干流和上游支流的鱼类群落结构差异较大。现阶段，我国伊犁河流域主要的优势种外来鱼类有鲤、■和鲫。利用最大熵生态位模型（MaxEnt）对鲤、■和鲫的适生区域进行预测，与鱼类资源调查获得的鱼类实际分布区对比，显示鲤和■在我国伊犁河流域的分布范围与预测结果是吻合的，而鲫在进入伊犁河流域之后开始向上游支流河段扩散。由于这几种外来鱼类在一开始引入的时候未采取管控措施，又具有极强的适应能力，且伊犁河流域的鱼类多样性较小，因此极易形成规模并扩散。外来鱼类的入侵，会对土著鱼类造成巨大的威胁。基于本论文研究结论，应当将已发生生态位漂变的鲫其作为重点关注种类，关注外来鱼类的生活史对策，深入研究外来鱼类的入侵机制和诱因；对上游支流河段的生境进行监测，关注气候和水文变化，尤其是土著鱼类产卵场、索饵场和越冬场的变化，尽可能减小人类活动干扰；对伊犁河流域的鱼类资源进行长期监测，关注鱼类群落结构变化，一旦发现异常及时采取措施；增加对土著鱼类的增殖放流；严格控制进出口贸易和增殖放流时夹带的外来鱼类。维护我国伊犁河流域的生态安全。