简便HBV基因型S基因PCR-RFLP分型方法的建立

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目的

建立简便HBV基因型S基因PCR-限制性片段长度多态性(RFLP)分型方法(以下简称“简便PCR-RFLP法”),并评价其临床应用价值。

方法

临床诊断研究。查阅并比较GenBank中128株HBV(基因型A~D型)S基因片段(S区nt253-687),设计限制性内切酶HinfⅠ、EarⅠ、ApoⅠ鉴别A~D基因型分型方法,并评价简便PCR-RFLP法检测HBV DNA的最低检测下限、重复性;然后,用该方法检测50例慢性乙型重型肝炎患者的HBV基因型,同时用直接测序法验证简便PCR-RFLP法检测HBV基因型的一致性。

结果

建立了简便PCR-RFLP法HBV基因分型的方案,通过限制性内切酶HinfⅠ一次酶切就可分出我国流行的B型、C型、D型等毒株及B/C混合型。随机抽取3份标本,不同稀释浓度下,用简便PCR-RFLP法重复检测HBV基因型,分型结果均与原血清完全一致,且最低检测下限约为7~9 IU/ml。经HinfⅠ酶一步酶切后,用简便PCR-RFLP法从50例患者标本中,检出B型23份、C型10份;经直接测序法验证,从PCR产物中检出B型23份、C型10份,2种方法检测B、C型基因结果完全一致(Kappa=1.00,P=0.001),简便PCR-RFLP法检出B/C混合型9份,优于PCR产物直接测序法(0份,χ2=18.00,P=0.001)。HinfⅠ酶一步酶切后分出的ABD型8份,进一步酶切及应用PCR产物直接测序法检测均为B型变异株。

结论

建立的简便PCR-RFLP法对HBV基因分型有较高的灵敏度和重复性,且在检出混合基因型方面具有优势,更为简便。(中华检验医学杂志,2013:36:420-424)

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