本研究旨在克隆牛干扰素调节因子9（bovine interferon regulatory factor 9,BoIRF9）基因,分析其生物学信息,并表达其抗原优势区。从感染水疱性口炎病毒（vesicular stomatitis virus,VSV）的EBK细胞中提取总RNA,以反转录得到的cDNA第一条链为模板,参考GenBank中牛IRF9基因序列设计特异性引物进行BoIRF9基因的扩增,对克隆得到的BoIRF9基因进行分子特征、高级结构与分子进化等生物学分析。根据BoIRF9的亲水性、抗原指数和表面可及性,设计1对特异性引物克隆BoIRF9的抗原优势区域片段,将其连接至pET30a（+）载体,构建重组表达质粒pET30a-IRF9-Part。将鉴定正确的质粒转化大肠杆菌Rosetta感受态细胞,经IPTG诱导表达抗原优势区域蛋白,运用SDS-PAGE和Western blotting方法进行蛋白质鉴定。结果显示,本研究克隆得到BoIRF9基因全长1 684bp,CDS区长1 320bp,编码439个氨基酸;BoIRF9氨基酸序列与人、马、猪、山羊相似性为80.0%～96.2%;进化树分析结果显示,荷斯坦奶牛与山羊亲缘关系最近,其次为猪、马、非洲象和人;BoIRF9蛋白的分子式为C₂₁₃₉H₃₃₄₂N₅₉₄O₆₅₈S₁₈,分子质量为48.5ku,理论等电点（pI）为5.71;BoIRF9基因编码蛋白不存在跨膜结构,无信号肽,存在1个潜在的N-糖基化位点和多个磷酸化位点;BoIRF9蛋白二级结构含有115个α-螺旋、22个β-转角、68个延伸链和234个无规则卷曲;BoIRF9蛋白包含2个保守结构域,选择包含第一个保守结构域的第12-221位氨基酸作为抗原优势区域,克隆出648bp的基因片段,并表达出分子质量为27ku的重组蛋白。本研究结果可为干扰素调节因子的深入研究提供参考。