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由于棉花基因组中含有大量的内含子，直接利用由基因组克隆的基因十分困难，目前国内外主要采用由棉花的cDNA作模板克隆基因并进行遗传转化。得到完整的cDNA必须有高质量的RNA，由于棉花组织中棉酚、多糖的含量较高，因此用通用的提取RNA的方法提取棉花RNA比较困难，国内外的许多学者针对棉花的具体情况已经发展形成几种比较有效的棉花总RNA的提取方法，如：高离子强度、高pH值提取法、热CTAB法、异硫氢酸胍法、Trizol reagent kit法、CTAB／酸酚法、热酚法和热硼酸法等；这些方法都能提出棉花的总R