目的探讨中药温肾健脾方对脾肾阳虚型结肠腺瘤性息肉患者肠道菌群结构及多样性的影响。方法选取自2015年3月1日至2015年5月1日以腹泄为主诉就诊、经内镜及病理检查确诊为结肠腺瘤性息肉并行内镜下摘除术,且中医辨证诊断为脾肾阳虚型的9例患者为研究对象。患者均给予温肾健脾中药方口服6周,收集治疗前及治疗后患者粪便标本,提取粪便样本中细菌总DNA,利用Illumina Miseq测序平台,对细菌的16S r DNA基因的V3~V4区高通量测序,并对测序结果进行生物信息学分析,比较治疗前后患者的shannon指数及Simpson指数,分析肠道菌群多样性,通过Uni Frac分析其组成结构变化,以及肠道菌群在门/纲/目/科/属水平的相对丰度变化情况。结果治疗后,Simpson指数较治疗前降低,Shannon指数较治疗前升高,提示肠道菌群的种群多样性轻度升高,但差异无统计学意义(P>0.05)。中药治疗前后2个阶段的菌群能显著分开,且同一阶段的菌群聚集在一起,说明菌群结构有明显的区别,中药治疗对菌群的结构产生较明显影响。中药治疗后,厚壁菌门的相对丰度明显上升;拟杆菌门、纲、目、科、属的相对丰度则明显下降;普雷沃氏菌科、属的相对丰度下降超过1倍以上;梭菌纲、目,Blautia菌属及瘤胃菌科的相对丰度明显升高,差异均有统计学意义(P<0.05)。结论温肾健脾方可使肠道的菌群结构发生改变,改变后的肠道菌群更接近于健康人的肠道菌群结构。