深入探究我国科技创新政策体系中财政科技经费资助的内在差异性，以促进科技创新财政资金优化配置和有效运作。利用2018—2020年广州市高新技术企业数据分析财政科技经费资助、税收优惠、科技金融三大激励政策效能的内在结构差异性、作用机制及效果，同时从创新能力、盈利能力和运营成长能力三维度评价企业高质量发展水平。结果表明：财政科技经费资助以提高企业创新能力为媒介提升高新技术企业高质量发展综合能力，其中技术攻关专项、科技创新人才专项的促进作用最大；科技金融支持、政府减免税普惠性政策显著提升高新技术企业高质量发展综合能力，且对企业运营成长能力、创新能力促进作用最大；此外工业高新技术企业的创新能力普遍较高。整体来看，在科技创新政策赋能作用下，高新技术企业高质量发展指数逐年稳步上升，且创新能力指数得分同比增速显著高于盈利能力和运营成长能力。因此，广州市高新技术企业高质量发展需要进一步优化财政科技经费支持模式，充分发挥科技金融的支持作用，扩大政府减免税政策覆盖面，并夯实工业高新技术企业的科技创新优势。