大石鸡(Alectoris magna)是我国的特有鸟类,其种群数量由于受到栖息地片断化和人类狩猎的影响而日益减少。本文以mtDNA的控制区部分序列(1,127bp)和细胞色素b部分序列(807bp)为分子标记,研究了大石鸡分布区内12个种群234个样本的遗传变异。173个样本的控制区序列中共发现了34个多态位点,定义了44种单倍型,平均单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.916±0.011和0.00449±0.00242,所有种群中单倍型多样性最高的是靖远和民和种群(0.894±0.063),最低的是海原种群(0.476±0.155)。230个样本的细胞色素b序列中共发现了13个多态位点,定义了14种单倍型。平均单倍型多样性为0.738±0.024,平均核苷酸多样性为0.00216±0.00009,所有种群中单倍型多样性最高的是共和种群(0.763±0.059),最低的为德令哈种群(0.000±0.000)。所有遗传多样性参数与样本量均无显著相关性。控制区和细胞色素b的单倍型邻接树均显示大石鸡在系统发生树上没有互为单系发生的种群存在,因此应该将大石鸡作为一个独立的进化显著单元(ESU)来对待。AMOVA结果显示大部分遗传变异分布于种群内,但种群间和群组间也存在显著的遗传变异,所以应该把各个种群作为独立的管理单元(MU)来实现短期内的管理和保护。对德令哈、都兰、礼县、张家川、海原等遗传多样性较低的边缘种群应重点保护,另外,对共和、贵德和靖远3个遗传多样性较高的种群也应重点加以保护。