背景 基层医疗卫生机构在此次新型冠状病毒肺炎疫情防控中发挥着重要作用,但其在疫情防控中的作用路径与机制研究还比较缺乏.目的 本文旨在探讨基层医疗卫生机构在新型冠状病毒肺炎疫情防控中的功能定位,并刻画其发挥作用的系统路径.方法 2020年2—3月以上海市W社区卫生服务中心为例,采用邮件访谈、微信语音访谈与关键人物访谈搜集基层医疗卫生机构在疫情期间的主要措施,探索基层医疗卫生机构在疫情防控中的功能定位,并通过绘制系统动力学流图刻画基层医疗卫生机构的系统路径.结果 W社区卫生服务中心在疫情期间采取的主要措施包括组建疫情管理团队、实施分诊筛查、落实应急响应、强化病房管理、开展线上医疗,其主要功能定位包括“守住基本”“承接上线”“对接社区”“左右协同”4个方面.系统动力学流图显示,基层医疗卫生机构疫情防控系统主要由“执行路径”“应急路径”“协同路径”“基本医疗服务路径”4个子系统构成.结论 基层医疗卫生机构在重大疫情防控中发挥着重要作用,可概括为“上下左右”的功能定位.守住基本、加强组织管理、强化团队建设与提升外部协同是相应的政策建议.