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CPT 原子钟是一种体积小、功耗低、指标优的新型原子钟。本文对小型 CPT 原子钟数字滤波算法开展优化研究，采用 CIC 滤波器前端滤波，低阶 FIR 滤波器后端滤波。新滤波模块在保证相同的噪声抑制比的情况下，节约逻辑资源，降低整钟功耗。基于以上方案实现的滤波模块，获得了55dB 的滤波效果，同时节省了约42%的 FPGA 逻辑资源。