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蛋白质分离步骤通常搭配一维或二维胶体电泳进行分析,将复杂的蛋白质初步分离,得到大略的蛋白质分子量分布。SDS-PAGE属二维胶体电泳方法,常用于检测蛋白质的分离步骤。样品中添加SDS,使蛋白质变性成为线性分子,于蛋白质表面均匀附上一层负电荷,影响蛋白质泳动的因子即为其分子量。利用不同分子量的蛋白质于电场中的泳动速率不同特性,将蛋白质分离、定性。可通过电泳分析图谱得知燕麦及苋籽并非同属植物。除胶体电泳方法外,还有用液相层析法分离蛋白质或胜肽,进而以液相层析-电喷洒串联式质谱仪分析蛋白质。