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东北老工业基地的自主创新是一个由知识、经济、社会等多种因素交互作用的复杂动力过程，是一种复杂性非线性系统。因此复杂性科学的管理理论无疑对东北老工业基地的自主创新具有一定的借鉴意义。文章尝试通过复杂性科学的协同学理论、自组织理论、耗散结构理论和混沌理论，分析东北老工业基地自主创新的内在机理，为东北老工业基地的自主创新活动提供理论依据。