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哺乳类内耳的形态生成和毛细胞的产生是由局部的细胞间相互影响及特异的基因所调控.尤其是特别的"碱性螺旋-环-螺旋"(basic helix-loop-helix, bHLH)基因转录调控因子对于毛细胞的分化是至关重要的.例如果蝇atonal的鼠类同源基因Math1已被证明是毛细胞分化的一个正向调控因子,而Hes1和Hes5 则起着负向调控的作用.这些bHLH基因转录调节因子在毛细胞分化时的内耳上皮区域表达.当Math1基因被敲除后,毛细胞分化全被阻断,而Math1过表达则会诱导多余的毛细胞产生.与之相反,敲除Hes1基因则会产生多余的毛细胞.同步转染Hes1与Math1基因进入新生大鼠的耳蜗组织则会抑制Math1诱导毛细胞分化的作用.此外,特殊的生长因子和细胞分裂的调控基因也能影响内耳感觉上皮前体细胞的分裂和毛细胞分化过程.人们对于毛细胞分化机理的理解将为日后成体内耳毛细胞再生的研究提供非常有用的线索,并最终将有助于毛细胞损毁而引起的听觉和平衡觉障碍的修复.