【摘 要】
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目的 地黄Rehmannia glutinosa是我国传统中药,具有较高的药用价值和经济价值.利用流式细胞技术和高通量测序技术,分析了地黄基因组大小和特征等信息,为绘制地黄全基因组精细
【机 构】
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河南中医药大学药学院,河南郑州450046;呼吸疾病诊疗与新药研发河南省协同创新中心,河南郑州450046;北京工商大学化学与材料工程学院,北京100048
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目的 地黄Rehmannia glutinosa是我国传统中药,具有较高的药用价值和经济价值.利用流式细胞技术和高通量测序技术,分析了地黄基因组大小和特征等信息,为绘制地黄全基因组精细图谱提供依据.方法 将己知基因组大小的大豆Glycine max和辣椒Capsicum annuum作为对照,用流式细胞技术估算地黄基因组大小.然后利用高通量测序技术对地黄基因组进行survey分析,通过生物信息学分析获得了地黄全基因组重复序列比例、基因组杂合度以及GC含量等信息.结果 根据流式细胞实验结果,地黄基因组大小介于大豆和辣椒之间,估算地黄基因组大小应在2.00～2.12 Gb.通过高通量测序,获得了132.79 Gb高质量的数据,总测序深度约为66.40×,估算地黄基因组大小为2.03 Gb.根据Kmer分布情况,估算地黄基因组重复序列比例为78.48％,杂合度为1.93％,GC含量为37.27％.从基因组基本结构特征上看,地黄基因组属于高重复、高杂合、大基因组的复杂基因组.结论 获得了地黄基因组大小和特征等信息,这些信息将为绘制地黄全基因组的精细图谱奠定基础,也为阐明地黄有效成分的生物合成和调控途径提供依据.
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