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百山祖自然保护区是浙江省国家重点保护野生植物最丰富的地区，共有国家重点保护野生植物11科18属22种，其中Ⅰ级保护3种，Ⅱ级保护19种。论述了自然保护区国家重点保护野生植物的区系特点、类型及地理分布，列举了它们的一些利用价值，最后提出了保护百山祖国家重点保护野生植物的一系列建议，旨在为自然保护区开展国家重点保护野生植物的保护提供科学依据。