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大肠埃然氏菌性腹泻仔猪的病理学变化表现为全身实质器官变性、坏死；脑膜血管充血，有微血栓形成。透射电观察发现回肠微绒毛表面附着杆状、有菌毛的大肠埃希氏菌；小肠绒毛排列紊乱、极性丧失、小肠粘膜、肝及淋巴结等膜结构受损，内质网扩张，线粒体肿胀，染色质边移等，随着增大细胞逐变怀，坏死，并出现嗜酸性小体。