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证候研究是带动中医药基础理论取得突破性进展和实现中医现代化的核心内容。几十年来,国家和多学科研究者始终不遗余力的对证候概念、证候规范化和证候实质进行研究,取得了一些阶段性的成果,但这些成果未能诠释中医证候整体性和复杂性的科学内涵,依然存在一些棘手的问题有待解决。近年来,研究复杂生命体系的系统生物学理论兴起,各种组学方法得以广泛应用,其中代谢组学方法是一种能够从代谢网络终端表象的整体角度反映生物体功能水平的研究技术,其在中医证候实质研究中的应用日趋受到重视。