本研究旨在通过对2012—2014年上海市麻疹病毒监测情况进行分析,研究上海市麻疹病毒流行株核蛋白(nucleoprotein,NP)的基因特征,探索上海市不同传播链麻疹病毒的流行情况。用Vero/Slam细胞对采集的疑似麻疹病例咽拭子标本进行病毒分离,分离到的麻疹毒株用反转录-聚合酶链反应(reverse transcriptase-polymerase chain reaction,RT-PCR)扩增NP羧基端450个核苷酸,并对扩增产物进行序列测定和基因亲缘性关系分析。2012—2014年上海市疾病预防控制中心共收到2 562份疑似麻疹病例咽拭子标本,分离到710株麻疹病毒流行株,病毒分离阳性率为27.71%。分离到的麻疹病毒流行株中1株为D8基因型,8株为B3基因型,其余均为H1a基因亚型。所有H1a基因亚型分离株与世界卫生组织(World Health Organization,WHO)参考株(GenBank No.AF045212)的核苷酸序列同源性为96.0%~98.0%,氨基酸序列同源性为92.7%~98.0%。D8基因型分离株(SH12-239)与WHO参考株(GenBank No.AF280803)的核苷酸序列同源性为97.8%,氨基酸序列同源性为98.6%。所有B3基因型分离株与WHO参考株(GenBank No.L46753)的核苷酸序列同源性为96.7%~96.9%,氨基酸序列同源性为95.3%。结果提示,2012—2014年上海市麻疹病毒流行株以H1a基因亚型为绝对优势亚型。上海市麻疹监测系统首次监测到D8基因型和B3基因型麻疹病毒在中国内地的存在。