随着中央《关于加强中国特色新型智库建设的意见》的印发和25家机构入选首批国家高端智库建设试点单位，中国特色新型智库建设进入了由国家统筹协调推进的新阶段。科学推进中国特色新型智库建设，应加强顶层设计，正确处理好五大关系。
　　统筹协调发展与自由自主发展的关系。中国特色新型智库建设，不能采用西方智库自由发展的办法，必须坚持统筹协调发展与自由自主发展相结合，切实处理好二者之间的关系。智库自身在发展中要有立足长远的战略眼光、自由自主的发展定力、清晰可持续的发展定位，坚持有所为有所不为，善于扬长避短，善于打造特色优势品牌，避免研究上的盲目跟风、浮躁逐利。
　　智库研究机构与政府决策部门的关系。智库研究机构与政府决策部门之间的关系不仅影响智库自身的发展，而且影响政府决策的科学化水平。
　　宏观发展战略研究与微观公共政策研究的关系。发展战略与公共政策，分别从宏观的顶层设计和微观的运行策略两个方面，确定了一个国家或地区发展运行的规范。发展战略作为宏观的顶层设计，通常具有全局性、长远性、方向性，体现着一个国家或地区在发展道路、发展理论和发展机制等方面的重大选择，是一个国家或地区发展运行的宏观政策规范。在中国特色新型智库建设中，加强宏观发展战略研究和微观公共政策研究具有同等重要的意义。
　　软实力研究与硬實力研究的关系。软实力与硬实力共同构成一个国家的综合国力。软实力主要体现为意识形态的凝聚力、思想文化的影响力、科学理论的说服力、政治制度的生命力等精神力量。硬实力主要体现为国家的经济力、军事力和科技力等物质力量。软实力研究需要更长远的战略眼光，硬实力研究需要更强烈的现实追求。在智库的实际研究中，硬实力对策研究因具有较强的现实针对性和解决实际问题的具体价值，能够给智库带来较为直接可观的经济效益，更能直接体现智库对政府决策的影响。软实力建设研究作为意识形态建设的范畴，其价值主要体现为更加长远的社会效益，而不是短期可见的经济效益，很难体现智库对社会的实际影响。
　　发挥决策咨询作用与发挥“二轨外交”作用的关系。智库是现代社会政治结构中的重要组织。在国际关系中，智库作为“二轨外交”的重要力量，发挥着政府间“第一轨外交”难以替代的重要作用。应围绕我国外交战略，通过智库间的学术交流、学者互访和公开发表研究成果等形式，积极传达我国的外交意向和外交政策，为我国外交营造良好的国际舆论氛围。