2013年，京源学校提出了“第三学期”课程的概念，即利用寒暑假及春秋季节的小长假，开展系统而丰富的科学探索与实践课程，积极带领学生走出校门、走进自然、走入社会、走向世界，开展科学探索、人文考察和艺术采风等体验式活动。
　　四年来，学校与中国科学院相关部门合作，开展了有关火山地质、海洋生物多样性、沙漠与草原、湿地、热带雨林、中草药石斛、野生动物、昆虫、鸟类保护、植物分类与识别、高山植物的垂直分布、恐龙及考古、天文学、少数民族文化、少数民族建筑、茶文化、古街道测绘、城市建筑与排水、科学公园等科学探索、人文考察活动，师生的学习足迹遍布祖国的四面八方。
　　学校根据教育教学计划灵活安排研学旅行时间，一般安排在小学四到六年级、初中一到二年级、高中一到二年级，尽量错开旅游高峰期。学校根据学段特点和地域特色，逐步建立小学阶段以乡土乡情为主、初中阶段以区情市情为主、高中阶段以省情国情为主的研学旅行活动课程体系。让学生在行走中了解社会，带着责任感投入到学习和工作中；让学生在交流中认识世界，不断拓宽视野进而胸懷天下；让学生在探索中增长本领，尝试把知识和能力转化成认识、解决实际问题的智慧；让学生在体验中丰富人生阅历，给自己的青少年时代留下值得回忆的经历和故事。
　　“第三学期”课程以三年为一个周期，学生可以根据自己的兴趣、家庭实际情况自主决定活动距离的远近、时间的长短，确定自己的参与内容，在京源学校上学期间，每个学生至少要参与3次不同类型的活动。
　　活动组织形式
　　活动主要有三种形式，包括班级活动、年级活动、全校活动。
　　班级活动：自发组织，体现活动方案选择的民主性、活动过程的自主性。班级自发组织，小组开展“今年春游去哪里”小课题研究，自定活动时间、地点、经费、交通、住宿等活动细节，然后在全班进行方案论证、筛选，民主投票确定班级活动方案。
　　年级活动：自由组合，多个活动方案供学生自由选择，体现同龄学生的个体差异性和活动内容的选择性。年级组和学科组统筹安排，打乱班级，学生可根据兴趣选择适合自己的活动。
　　全校活动：整体设计，全向全体，自愿报名，体现活动内容和过程的专业性、兴趣性、衔接性、连贯性。高低年级混合开展活动，行前调研、方案确定、行程安排等都由高年级同学牵头，带领低年级同学一起活动。
　　学习活动方式
　　混合式学习：以大带小、以老带新，高年级学生带领低年级学生，低年级学生又以高年级学生为榜样。活动中的分组、买票、登机等环节都由高年级同学组织。
　　体验式学习：让学生将课堂所学知识应用到工作场所、研究环境和社区服务中，通过实践来认识周围事物。通过学生完完全全地参与学习过程，使学生真正成为课堂的主角。
　　研究性学习（小课题研究）：以“培养学生具有永不满足、追求卓越的态度，培养学生发现问题、提出问题、解决问题的能力”为基本目标；以学生从学习生活和社会生活中获得的各种课题或项目设计、作品的设计与制作等为基本的学习载体；以在提出问题和解决问题的全过程中学习到的科学研究方法、获得的丰富且多方面的体验和科学文化知识为基本内容；以在教师指导下学生自主采用研究性学习方式开展研究为基本的教学形式。
　　项目学习：让学生参与一个较为长期的学习任务，体验现实世界中的职业角色，通过“工作”，研究问题、得出结论。让他们有机会接触到真实世界中的真实问题，学会使用科技手段研究、分析、协作和通信。学生在接触各个学科领域的过程中，更容易理解学科概念，明白不同学科是如何相互联系和相互支持的。
　　课程内容与评价
　　自然与科学探索类：内容包括地质考察、生态考察、海洋考察、热带雨林、草原沙漠考察或者综合科学考察。人文与艺术体验类：包括美术之旅、音乐之旅、人文之旅等。专业社团拓展类：包括天文社、生物社、合唱团、舞蹈团等。
　　学生全程参与活动方案设计、准备、组织；参与的学生都要总结、展示、分享。过程性表现将记入个人综合素质评价，表现优秀者将优先获得下次活动的参与机会和一定的活动费用奖励。