卫所制度建立于明初,明中后期开始"民化"。入清以后,清政府逐步对其进行改置和裁并。一些卫所被改置为府、厅、州、县,一些卫所直接被裁掉、其土地与人口被并入附近的府厅州县。与此同时,清朝也有建立新的卫所,直至后来才被裁并。而且裁并卫所的过程时有反复,一些被裁掉的卫所会再次设立,之后又会再次被裁并。有清一朝,共有约817个卫所被裁并。在所有被裁并的卫所中,有21个卫所先被裁并,后又复设,之后又再次被裁并。有22个卫所是清朝新设置的卫所,之后同样也被裁并。有67个卫所被改置为府、厅、州、县这样的行政区划单位,主要集中于康熙、雍正与乾隆三朝,主要分布在西南与西北两个区域。在七种改置类型中,改卫为县数量最多。在被改置的三种卫所类型中,实土卫所占绝大多数。清廷对于卫所的裁并,有利于国家行政区划的整齐划一和中央对地方的控制,也有利于政府管理和征税征粮操作的便利性,还有利于各民族间互通有无与地区经济、文化交流。