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上海新华医院设有47个临床科室,13个医技科室,66个专业,8个校级研究室,营养、超声、激光美容等六个诊治中心,还设有WHO新生儿保健合作中心、卫生部遗传医学新生儿筛查及遗传代谢病中心、卫生部推广模式单位的新生儿听力筛查中心等.2003年医院门急诊总量达到232余万人次,出院病人达2639余人次.